ESO je mezivládní organizace tvořená 14 členskými státy. V čele organizace stojí generální ředitel, kterého jmenuje výbor organizace. Současným generálním ředitelem je profesor Tim de Zeeuw.
Hlavními strukturními jednotkami ESO jsou ředitelství a divize. Momentálně se ESO skládá z ředitelství pro ALMA, programy, provoz a vědu. Divize jsou: ALMA, konstrukce, dalekohledy, přístroje, technologie, observatoř La Silla Paranal, datový management a provoz, ST-ECF, vývoj softwaru, administrativa a lidské zdroje. Většina divizí je soustředěných v některém z ředitelství. Divize se dále dělí na oddělení, která se mohou skládat z více skupin.
© Astronomický ústav AV ČR, v.v.i. Vytvořil Jan Suchan, design Štěpán Hašek & Eva Hašková. Web vznikl za podpory MŠMT.